Принято считать, что возраст описываемой пустыни не более 2-3 миллионов лет. Классическая теория была разработана на основе геологических исследований, которые показали значительный рост засушливости Северной Африки в начале четвертичного периода (что соответствует временному отрезку в 2-3 миллиона лет назад). Общепринятая теория гласит, что до описываемого периода засушливость климата в данном регионе контролировалась Африканским Южным Муссоном, интенсивность которого зависела только от цикла прецессии земной оси.
В начале четвертичного периода северное полушарие стало покрываться льдом, начался очередной ледниковый период. Такое изменение не могло не сказаться на Африканском Южном Муссоне, в значительной степени ослабив его. Сложившаяся климатическая ситуация и послужила толчком для развития столь великой пустыни.
Однако, позднее на территории Сахары были обнаружены аллювиальные отложения (песчаные дюны), возраст которых составляет порядка 7 миллионов лет, что значительно старше принятого возраста пустыни. Исходя из данной находки было сделано предположение, что реальный возраст пустыни соответствует скорее возрасту найденных отложений, чем тому, который было принято считать ранее. Но, такая интерпретация возраста пустыни горячо оспаривалась, тем более, что не удавалось обнаружить механизм для образования засушливости в указанную эпоху (7 млн. лет назад).
Международная группа ученых, в которую вошли представители таких стран, как Китай, Франция и Норвегия провела моделирование климатической ситуации эпохи позднего миоцена (7-11 млн лет назад) с целью установить возможность развития засушливости на территории Африки, которая могла бы привести к образованию пустыни Сахара.
В ходе экспериментальных расчетов, проведенных с помощью Норвежской глобальной модели земли (the Norwegian Earth System Model) и модели атмосферы, разработанной сообществом NCAR (the Community Atmosphere Model), было показано, что в исследуемой исторической эпохе Южный Африканский Муссон был значительно ослаблен сокращением древнего океана, под названием Тетис (данный океан существовал в эпоху мезозоя и располагался между континентами Гондвана и Лавразия, современными реликтами этого океана являются Средиземное, Чёрное и Каспийское моря).
Такое ослабление муссона и позволило развиться засушливости, которая в дальнейшем распространилась на всю территорию северной Африки, и образовала Великую пустыню Сахара.
Столь важные климатические изменения повлияли не только на область Сахары, но также повлекли за собой изменения в флоре и фауне на территории Африки и Азии, которые наблюдались в тот же исторический период.
Изменения же флоры и фауны весьма вероятно связаны с появлением первых людей на севере Африки.
